Schreibt man eine Ausarbeitung mit LaTex ist es oft sinnvoll sich ein Main-File anzulegen, in dem die einzelnen Kapitel per \input{file.tex} Befehl als eigenständige Dateien eingebunden werden. Ein Vorteil besteht darin, dass sich die Struktur sehr einfach verändern lässt.
Will man am Ende ein vollständiges File um z.B. per Search-and-Replace schnell Änderung durchführen zu können, ist man auf externe Tools angewiesen um die einzelnen Dateien zu einer zusammenzusetzen (solange man nicht unbedingt selber alles kopieren möchte).
Das Prinzip ist einfach:

1. Suche \input{file.tex} Befehle

2. Setze den Inhalt von file.tex ein

Ein Python Skript, was genau das macht findet sich auf Github. Ich habe das Skript noch leicht modifiziert. Im Original wurde alle input-Felder ersetzt. Verwendet man aber auch z.B. PgfPLots (.tikz - Dateien) wird das neue Main-File schnell unübersichtlich. Meine modifizierte Version bindet nur Tex-Dateien ein und steht hier zum Download bereit:

Download @Github

Wichtig ist es, dass die tex-Datei mit Dateiendung eingebunden wird (.tex).

Benutzung (vorausgesetzt Python ist installiert):

1. Per Konsole (Windows: Win-Taste + R -> cmd) in den entsprechenden Ordner wechseln

2. Per python flatex.py main.tex final.tex ein neues final.tex File erstellen.

Wer kein Python mag, kann sich auf Tex.Stackexchange auch die C, sowie Perl Alternativen anschauen.